南京农业大学牢固树立依法办学理念，不断完善内部工作机制和治理体系，持续提升依法治校水平，有力提升内部治理能力。
优化法务工作机制。设置法律事务办公室，承担合同与规章制度审查、重大事项法律论证、对外诉讼仲裁等职责。聘请校内法学专家、具有律师执业资格的教师与管理人员组成法律顾问团，以专题法律论证、咨询等形式，全方位参与学校法治工作。外聘两家律师事务所担任常年法律顾问，为学校重大决策、重大事项提供法律意见和专家咨询。初步形成专职法务工作人员统一负责，校内、校外法律顾问协助配合“三位一体”法务工作格局。
健全依法决策机制。坚持和完善党委领导下的校长负责制，以大学章程为统领，修订党委常委会、校长办公会和学术委员会议事规则，规范决策行为。增加学校重大决策前的法律论证和风险评估程序，以合同审查和涉诉处理为抓手，变“事后补救”为“事前防范”，从源头上防范法律风险。畅通校内申诉救济渠道，分别设立教职工申诉委员会和学生申诉委员会，综合运用信访、调解、申诉等多元化争议解决机制，积极稳妥解决校内矛盾纠纷。
全面清理规章制度。深化“放管服”改革，制定《规章制度清理工作方案》，明确“留”“废”“改”“立”原则，全面系统梳理学校规章制度，对保留文件完成合法性审查，其中废止文件230余份，修订文件近160份。研究制定《规章制度管理办法》，设立规章制度年度建设计划，制定权力清单和责任清单，确保管理行为法定化、规范化、程序化，为学校建设发展松绑减负营造有利的制度环境。
完善学术治理体系。严格按照《高等学校学术委员会规程》要求，形成以学术委员会为统领，学位评定委员会、学术规范委员会等专门委员会分工负责、分类指导的学术治理结构。学术委员会作为学校学术领域重大事项决策、审议、评定和咨询的最高机构，具体负责正高职称的晋级评定。学术委员会主任由没有担任党政领导职务的教授担任，不担任党政领导职务的委员占比近70%。单独设立学术委员会红头文件序列，与学校党委、行政文件并行，独立行使学术权力，保障教授治学。
